Der Naviglio Martesana wurde 1443 als Antwort auf die Forderung nach einem Kanal gebaut, der das Wasser des Flusses Adda zur Bewässerung und als Antrieb für die Mühlen nutzen sollte. Im 15. Jahrhundert wurde der Naviglio mit dem inneren Kreis verbunden, um eine durchgehende Schifffahrt vom Fluss Adda nach Mailand und von Mailand ins Tessin zu ermöglichen. Eine Besonderheit dieses Wasserlaufs ist, dass er parallel zu einer antiken römischen Straße (Landstraße SS 11 Padana Superiore) verläuft, an der sich einige Rastplätze befanden und aus der wichtige Orte wie Gorgonzola, Inzago, Cassano d’Adda und Vaprio d’Adda entstanden sind. Dank der Anwesenheit des schiffbaren Kanals wurden diese Zentren zu Orten des Handelsaustauschs.

Lange Zeit wurde der Kanal hauptsächlich zur Bewässerung des Landes oberhalb des „fontanili“-Gebiets (von Trezzo d’Adda bis Cernusco sul Naviglio) genutzt, was zu einer Entwicklung der Agrarstruktur führte, die vor allem in der Barockzeit eine beachtliche Entwicklung von Adelsvillen hervorbrachte. Die Gewässer des Naviglio Martesana wurden auch als Antriebskraft für Mühlen genutzt, was durch das Vorhandensein von industriellen Archäologiekomplexen an den Ufern der Adda und der Martesana (zwischen Trezzo d’Adda und Cassano d’Adda) belegt wird. Der Naviglio Martesana gehört sowohl zum Regionalpark der nördlichen Adda (Parco regionale Adda Nord) als auch zum Regionalen Agrarpark Süd-Mailand (Parco Regionale Agricolo Sud Milano).